O CNCT reúne-se ordinariamente uma vez por semestre e, extraordinariamente sempre que solicitado pelo seu presidente ou por um terço dos seus membros. No primeiro ano da sua actividade o CNCT reuniu mensalmente com regularidade. O CNCT discute temáticas relevantes para o Sistema Científico e Tecnológico Nacional (SCTN) sendo o resultado destas discussões convertido em documentos de natureza estratégica a servirem de referência para as decisões do Governo sobre ciência e tecnologia.

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​Os principais objectivos do CNCT são:
1. Aconselhamento na definição das áreas e setores prioritários para o Governo nas suas políticas de ciência e tecnologia
2. Promoção da excelência em ciência e tecnologia, tendo em vista o desenvolvimento e a sustentação do sistema científico e tecnológico nacional, a internacionalização da ciência portuguesa e a excelência na educação em ciências e tecnologia
3. Aconselhamento científico no desenvolvimento de políticas e no funcionamento de serviços públicos em todas as áreas de governação
4. Fomento da articulação transversal e interministerial das políticas de ciência, tecnologia e inovação.